A filmben az egyik legfontosabb és legellentmondásosabb mondat Caravaggio felkiáltása, miközben A Szűz halálát festi: „Tiszta szellemet zártam anyagba”. (12) Ez egyrészt úgy hangzik, mint a művész győzelmi mámora, másrészt utalás lehet a gnosztikus teológia egyik tételére, amely szerint az anyagi világ démoni módon börtönbe zárja a lelket. A filmben a gondolatot Caravaggio így folyatja: „mely úgy nő, mint a mező liliomai, iszonyúan elferdítik, és magasra helyezik Róma oltárain”. Amit mond, nem érthető azonnal részben azért, mert, mivel elfordul a kamerától, a szavak elhalkulnak. A forgatókönyv korábbi verzióiban a mondat Jerusaleme narrrációjának része volt, és világosabban kivehető, hogy a panasz arról szólt, hogy a szellem értékesíthetővé válik, amint anyagi formát ölt. Azt mondja a képről: „Tiszta szellemet zártam anyagba, hogy elcserélhető és eladható legyen, és aminek nem szabadna értékkel bírnia, és ami olyan szabadon kellene, hogy nőjön, mint a mező liliomai, azt iszonyúan elferdítik, és magasra helyezik Róma oltárain”. (13) A szellemi szoros összekapcsolása az anyagisággal és az értékesíthetőséggel Jarman központi gondolata volt, és ennek egy másik megnyilvánulása a filmben az arany. „Az arany a tisztaság és a napfény metaforája, és mindazé is, ami rossz a világon. Az egész filmet áthatja”. (14) Az alkímiában az arany nemcsak egy értékes fém, hanem „annak az örökkévalóságnak a szimbóluma, jele, és képzete, amiben majd odafenn lesz örömteli részünk”. (15) A tökéletes és megtisztult lélek szimbóluma. A forgatókönyv egyik vázlatában volt egy jelenet Del Monte kardinális alkimista laboratóriumában, és ebben a kardinális azt mondja Caravaggiónak:

Az emberek, Michele, angyalok, akik túl messzire tévedtek a központi forrástól, és beszennyezte őket az anyag képzete. Az alapfémek arannyá válásának pillanatában a fizikai világ tökéletesedésének kulcsa található meg, és az emberi létállapot lényegére lelünk rá. (16)

Az arany azonban egyúttal a kereskedelmi forgalmat is felidézi, és a filmben az arany pénzérmék megállás nélkül kézről kézre járnak a szereplőknél, néha szájból szájba adják át egymásnak erotikus módon, mintha még a legintimebb emberi kapcsolatok sem helyeződhetnének kívül a pártfogás és a kereskedelem rendszerén. Amikor a Giustiniani, a pápa pénzembere által rendezett bál előtt Lena saját aranyszínű haját csodálja a tükörben, ez arra a céljára utal, hogy találjon egy gazdag patrónust és „feltörjön”. Ez a döntés vezet majd oda, hogy a szeretője, Ranuccio saját kezével gyilkolja meg, és hogy egy folyóbeli sírban végzi, melynek vizét aranyszínűre festik a nap sugarai.

Ha az aranyat a szellemi transzcendencia sokszorosan összetett szimbólumának tekintjük, a kék színt is annak kell tekintenünk. Jarman sok filmjében jelen van a vörös és a kék váltakozása, és a kék a testiséget, a vörös pedig a szellemiséget képviseli a jungi kromatikus szimbolizmussal összhangban, amit Jarman annyira kedvelt. Caravaggiónál nagyon érdekes, hogy szinte soha nem használt kéket a palettáján, mert, ahogy egyszer kijelentette, „a kék méreg”. Ezt a mondatot Jarman is használta a forgatókönyv némely változataiban. Még amikor Szűz Máriát festette, akkor is inkább vörös, mint a hagyományos kék ruhában ábrázolta, és a vörös a legegyértelműbben kivehető szín a kései képek sötét árnyalatai között. Gyakorlatilag Jarman filmjében sincs kék szín, de a „kék” szó gyakran elhangzik Caravaggio narrációjában, ahol általában a halálra, a vízbefulladásra vagy az egyéniség „mérgező kék tengerbe” veszésére utal Porto Ercole kapcsán, ahol Caravaggio a halálos ágyán fekszik, és hullámverést hallani a háttérben. Úgy tűnik, mintha a kék még mindig a testi mivoltunktól való megszabadulást jelentené, ami nem pozitív összefüggésben, hanem inkább negatívan és félelmetesen jelenik meg. Amennyire Caravaggio vörös és a borzalmakat kifejező kék iránti rajongása az evilági, szexuálisan meghatározott test iránti ragaszkodást és a transzcendencia elutasítását fejezte ki, úgy Jarman is tudta a saját pszichéjének vizsgálatából, hogy ez az egyszerű ellentét a szexuális és a szellemi között mindig is problematikus volt. A kéknek nemcsak egy jelentése van, és amennyire a vörös a kék ellentéte, annyira a párja is. Jarman ki nem adott írásaiban megtalálható a művész Yves Klein – Jarman utolsó filmjének, a Blue-nak az ihletője – képzeletbeli válasza, amikor az absztrakt monokróm képeinek jelentéséről kérdezték.

A kék nem párosítható
de ha ellensúlyozni kéne
a párja a vörös lenne
de a másik csupán reflexió
és a kettőt egy sikoly köti össze
a vörös csupán sikító kék (17)

Jarman úgy érezte, hogy a Caravaggio művészetére való erőteljes utalásai révén a saját lelkét tudta filmre vinni, rosszul estek neki azonban azok a kritikák, amelyek szerint a filmből hiányzik az élet és az energia. Az állítólagos statikusságot sok kritikus – akik egyébként dicsérték a film vizuális stílusát – kiemelte. Iain Johnstone, a Sunday Times kritikusa számára „drámaként úgy hat, mint egy darabka nyugalmas élet, mint egy szerényen díszített faldísz”. (18) John Russell Taylor, a Sight and Sound szerzője pedig azon a véleményen van, hogy „sajnos Bresson és Pasolini mintáját követve az egész film csupán utalás marad a »viaszbábuk közötti szerelemre«. Valahogy nem életszagú”. (19) A fenti bírálatokat, illetve egy hasonlót, amely szerint Jarmanból „hiányzik a pszichológia iránti érdeklődés”, (20) az váltotta ki, hogy a film szereplőinek élete nem teljesen különül el a festményektől, amelyeken megjelennek. Az életből vett jelenetek váltakoznak az élőképekkel (tableaux vivant) és a különböző készenléti stádiumban lévő festmények bemutatásaival. A festmények nemcsak a film képiségéért felelnek, hanem a narratívát is irányítják, és annak fontosságát hangsúlyozzák; az általuk kifejezett pszichológiai tartalom pedig nem egy sor mindentől független kitalált karaktert jellemez, hanem a művészt, Jarman-Caravaggiót magát. Jarmant nemhogy érdekelte a pszichológia, hanem egyenesen elkápráztatta, végső soron azonban mindig a saját elméjét akarta megvizsgálni. Ebben a filmben a vizsgálatot Caravaggio képein keresztül végzi el, amelyek közül hármat, a filmben való megjelenés sorrendjében részletesen is elemzek.