A Porto Ercole-i nyitójelenet után, ahol a haldokló Caravaggiót bolond szolgája, Jerusaleme gondozza, visszamegyünk az időben, és láthatjuk, ahogy Caravaggio megveszi az akkor hat év körüli Jerusalemét paraszt nagyanyjától, miközben Jerusaleme anyja figyeli őket és könnyezik. Mikor visszatérnek a műterembe, láthatjuk az elsőt azok közül a festmények közül, amelyek a filmben később bemutatásra kerülnek: a kígyóhajú Gorgó Medúza levágott fejét. Az ezt követő események lényegi momentumait a következőképpen lehetne összefoglalni: a kisfiú a Gorgó-fejet látva grimaszol, aztán felkapja a pajzsot, amin a festmény van, és körberohanja a műtermet, majd ráijeszt vele Caravaggióra, aki először riadalmat tettet, majd visszagrimaszol. A festő ezután felkapja Jerusalemét, és megöleli, megsimogatja a haját, majd mindketten elalszanak az ablakmélyedésben. (Ez a kép rövid flashbackként a film zárójelenetében is megismétlődik.) Miután ők ketten elalszanak, egy kígyó kúszik ki a gyümölcsöskosárból, és rámászik a Medúza arcára, majd a következő vágóképben a felnőtt Jerusalemét látjuk egy nagyszarvú kos társaságában. Ezt rögtön ismét a Caravaggio által átölelt alvó kisfiú képe követi, akinek a kígyó közelít a torka felé, a következő kép pedig szintén őket mutatja, ahogy gyengéden átölelik egymást, de a kígyó már nincs ott.

Ez egyértelműen egy fontos jelenet, aminek a pszichológiai összetettségében úgy tűnik, a Gorgó-fejről készült festménynek központi szerepe van. (21) A görög mítoszban a Medúza arca annyira ijesztő volt, hogy kővé változtatta az embereket, és ez így volt egészen addig, amíg Perszeusz egy tükör segítségével szembe nem szállt vele, hogy lefejezhesse. A pszichoanalízisben a medúzát általában úgy értelmezik, mint a rettenetes anya (Terrible Mother) archetípusának egy változatát, mint amilyen Káli, Hekaté vagy Kirké, akinek a hatása alól a (férfi) hősnek ki kell szabadítania magát, különben fennáll annak a kockázata, hogy felfalják vagy megfosztják az erejétől. Itt azonban, mivel Caravaggio fiút használt modellként, a medúza nemi szempontból összetett, és az arc, amellett, hogy rémisztően fenyegető a szemlélő számára, a saját férfi (vagy női) identitására nézve is az. Olyan, mintha ez az identitás éppen csak belepillantott volna a Perszeusz által tartott tükörbe, ami előidézte azt a végső, önmagától való eltávolodást, ami aztán a fej levágásával valósult meg igazán. Mindez természetesen párhuzamba állítható a Caravaggio más képein látható levágott fejekkel, mint a Dávid Góliát fejével vagy a Salome Keresztelő Szent János fejével, ahol az önsajnálat és az öngyűlölet elemei is megtalálhatóak. A kígyót, ami előkúszik a gyümölcsöskosárból, a forgatókönyv úgy írja le, mint „az emlékezet kígyója, ami a vidék hangjait hozza magával” (22) utalva ezzel az elveszített eredet (az anya?) utáni vágyra. De kétségtelen, hogy egyúttal fallikus jelkép is, ahogy a meglehetősen valósághűen vonagló kígyókból álló hajkoronával bíró festett fiú / női arc felé nyomul. A fallikus konnotációt erősíti a nagyszarvú kos is, ami a felnőtt Jerusaleme ágyánál áll, és nem lehet nem gondolni a fiú fenyegetett vagy meggyalázott ártatlanságára azt látva, ahogy a kígyó a torka köré tekeredik.

A festménnyel együtt az egész képsor a vágy és az identitás, a szexuális és nem szexuális tartalmú érzelmek mély konfliktusát fejezi ki. Az alvó fiút átölelő Caravaggio hatásos képe mindenféle logikus megfontolást nélkülözve meglehetősen sok különböző érzelmet sűrít magába. Egyrészt a saját elveszett gyerekkora iránti szomorúságot (amikor a film végén a gyermek Caravaggiót látjuk, nagyon hasonlít a fiatal Jerusalemére), másrészt a soha nem ismert apa szeretete iránti vágyódást (a haldokló Caravaggio első narrációjában, amikor az őt a tengerből kihúzó tengerészekről beszél, azt mondja: „bár ilyen erős karok öleltek volna az életemben…”). A jelenetben benne van még a „bohém” magányos férfi sajnálkozása is, hogy elszalasztotta az apaságban való érzelmi kiteljesedés lehetőségét. Ezen kívül, ahogy azt a kígyó nyugtalanító módon sejteti, benne van a fiatal fiúkhoz való szexuális vonzódásra való sötét utalás. A pimasz Ámor modellje a Profán szerelem című képen csak egy pár évvel lehetne idősebb a festő karjai között alvó apró, védtelen kis alaknál. Végül pedig, ahogy a halandóságra egy sor más utalást is találunk a filmben, a Gorgó-fej a halál jelképe is. Az antik kultúrák Gorgó motívumainak egyik újabb tárgyalásában olvasható, hogy a hozzá kapcsolódó rémisztő tulajdonságok abból származnak, hogy a Gorgó felduzzadt arca és kidülledő szemei a rothadó emberi testet szimbolizálják. (23) Amikor a Tiberis a meggyilkolt Lena testét sodorja, a „haja úgy terül szét, mint valami medúzaszerű hínár”, és az egyik korai forgatókönyv-változatban, ami a fuldokló Caravaggio képével indul, a jelenet ugyanezzel a hasonlattal van leírva: „Ahogy elsüllyed, az eltorzult száj és a hínárral összegabalyodott haj olyan, mint egy Medúza”. (24) A Gorgó akár az anyára, a fiúra, a szeretőre vagy önmagára utal, végül egyetlenegy dolgot jelöl, a halált.